Desde ese momento el convento de Úbeda se convirtió en un foco que irradió la espiritualidad del místico carmelita descalzo. En 1978 se inauguró el Museo San Juan de la Cruz recogiendo diversas reliquias y otros recuerdos que se relacionaban con el Santo, así como se preparaba al visitante un recorrido por su vida y su doctrina. También se enriqueció con una notable biblioteca especializada en temas sanjuanistas y de espiritualidad.
En el Año Jubilar 2000 el Museo sufrió una importante reforma, incrementándose con un gran número de obras procedentes de los conventos de la Provincia del Santo Ángel Custodio de Andalucía. De este modo, el Museo dispone en la actualidad de doce salas donde el visitante puede acercarse a conocer esta gran figura universal del pensamiento y de la espiritualidad cristiana.
El Museo San Juan de la Cruz se encuentra ubicado en Úbeda situada a unos 10 Km de Baeza y unos 40 Km de la entrada al parque natural de las Sierras de Cazorla Segura y las Villas.
Úbeda es conocida como la capital del Renacimiento andaluz. Su casco antiguo, declarado Conjunto Histórico-Artístico, alberga un espléndido legado monumental formado por iglesias, palacios y casas nobiliarias. Su Conjunto Monumental Renacentista ha sido declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.